先天性小兒膽總管囊腫的發病原因有先天性膽管發育缺陷、病毒感染、膽道發育不良等因素導致。
1、先天性膽管發育缺陷：先天性膽管發育缺陷主要是先天性膽管發育異常導致的，會伴有整個或部分膽道發育不佳，從而會導致先天小兒膽總管囊腫。需要通過手術治療。
2、病毒感染：在胚胎時期，如果母親受到了病毒感染，比如乙型肝炎、病毒巨細胞病毒，會導致膽管腔阻塞或關閉變薄弱，產生膽總管囊腫。如果囊腫比較小沒有明顯的症狀，不需要特殊的處理。
3、神經分布異常：在胚胎時間如果胎兒膽總管神經分布異常，會導致先天性小兒膽總管囊腫。如果囊腫比較小，可以定期到醫院進行複查。
除了以上原因，還可能與先天性胰膽管交界部發育畸形，形成河流異常的因素有關，具體原因需要到醫院就診檢查，然後進行針對性治療。
納氏囊腫是不可能治愈的，在得了宮頸炎，早期就應該進行治療，防止形成了慢性的宮頸炎，也就是宮頸納氏囊腫，是比較難治好的，一般需要采用手術來進行治療，如果囊腫比較小
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