先天性食管憩室根據發生部位不同分為咽食管憩室、食管憩室，並有先天性食管狹窄和真性先天性食管憩室。本病病因不清，可能為胚胎發育異常所致。
由於食物的積存，憩室會繼續增大，並逐漸下墜，不利於憩室內積存物的排出，致使憩室的開口正對咽下方，咽下的食物均先進入憩室而發生返流。此時出現吞咽困難，並呈進行性加重，部分患者還有口臭、惡心、食欲不振等症狀。有的因進食困難而營養不良和體重下降。在未采取治療的情況下，如果憩室逐漸增大，積存的食物和分泌物開始增多，有時會自動返流到口腔內，偶爾造成誤吸。誤吸的結果將會導致肺炎、肺不張或肺膿腫等合並症。
食管憩室報道較少，該部咽室發生在咽食管交界部或下咽部。臨床表現有流涎及進食時呼吸困難，可誤診為食管閉鎖合並有食管氣管瘺，若插入鼻胃管可進入憩室。伴有先天性食管狹窄的先天性食管憩室可能為食管閉鎖的一種變型，真性先天性食管憩室不伴有其他食管、氣管畸形，且較少見，亦可能是重複畸形的變異，位於食管壁內或壁外。
保持低脂飲食，脂肪可減慢食物通過腸道的時間進行-些食物敏感方麵的檢查，以找到那些對你的消化係統有刺激的食物，並應避免食用在憩室炎急性發作期，試用每日1-3次水或菜汁節製飲食在憩室仍有炎症及敏感的時候，食用低容積的食物(肉湯及低纖維飲食)在急性憩室炎發作期，應多吃煮熟的蔬菜、煮熟的水果和蘋果，上述食品均可潤滑腸道避免牛奶及奶製品(酸乳酪和奶酪)，這會加重本病，尤其是當患者有腹瀉的時候
食管鋇餐造影檢查可見憩室自咽—食管交界處前壁，相當於下咽部水平向前突出。因前方為喉，阻憩室向下延伸。憩室大小不一，呈條狀或袋狀，正位可偏於一側，憩室邊緣光滑、整齊，盲端圓鈍。若其內有食物殘渣，可以造成充盈缺損。須注意的是，咽部憩室造影時，造影劑易嗆入呼吸道。
如果膳食中注意控製油脂的攝入，維持正常的體重就有了一定的基礎。肥胖可使腹內壓力增加，有利於食物的反流，使病情及症狀加重。飲食中應注意合理使用油脂和維持理想的體重。飲食中應吃些易消化、細軟的食品，少用刺激性食品，少用或不用能夠引起食管下端括約肌張力降低的食物，如濃茶、咖啡、可可、巧克力、鮮檸檬汁、鮮桔汁、番茄汁等酸味飲料及刺激性調料，如咖喱、胡椒粉、薄荷、辣椒等。煙酒可引起食管下端括約肌張力下降，尤其是烈性酒可使食管蠕動收縮波的頻率下降，食管清除酸性能力下降，對食管炎的治療起不良的作用。晚餐不要吃得過多，另外睡前不要加餐，防止加重症狀。
一般無需手術治療，有胃食管反流可抗反流措施以減輕症狀，有食管狹窄症狀者可予擴張治療效果良好。但X線檢查原部位的憩室大都無改變，亦有縮小或消失者。
食管中段憩室的治療，無症狀的牽出型食管憩室無需治療，症狀輕微的也可以長年觀察，隻在症狀逐漸加重憩室逐漸增大或出現並發症如炎症、異物穿孔、出血等時才需要手術治療。
手術時應去除引起牽出型憩室的病因，並將可能合並存在的食管運動失調或梗阻如賁門失弛緩症、膈疝、裂孔疝等一起糾正，以免複發或出現並發症。術前準備及麻醉均同膈上憩室手術。
手術一般采用右胸入路，在肺門後方剪開縱隔胸膜，確認食管。憩室周圍常有腫大的淋巴結和緊密粘連的纖維組織，遊離憩室有一定困難，要仔細耐心切除腫大淋巴結。切開憩室時注意不要損傷食管，分粘膜及肌肉兩層縫合，合並有膿腫、瘺管的要一並切除修補，胸膜、肋間肌、心包均可作為加固組織使用。