治療尿路感染要依據某些重要的臨床藥理學原理，合理應用抗生素。首先明確病情是急性還是慢性，還要明確是上尿路感染還是下尿路感染，是由何種致病茵引起的及致病菌對藥物的敏感程度如何，對腎功能造成多大的影響，有無泌尿係統梗阻及膀胱輸尿管反流等誘因等。治療目的是預防或治療全身敗血症，減輕症狀，清除被隔離的感染灶，消除來自腸道及陰道菌群的尿路病原體，預防長期並發症，並應做到費用最低，副作用最少，耐藥菌群產生的可能性最小。治療時應遵循下列原則。
(1)首先按常見病原茵給予敏感抗生素。
(2)治療前行尿培養，然後根據藥敏結果及時調整用藥。
(3)盡可能選擇尿液或靶器官中濃度高的抗生素。
(4)療程要足夠。抗茵藥物的使用要持續到症狀消失、尿培養轉陰後2周。
(5)避免濫用抗生素，特別是避免使用腎毒性藥物。
(6)必須同時消除誘發因素。若存在尿路畸形或功能異常者，應予以矯正或做相應處理。
(7)加強機體免疫功能。
(8)反複發作配合中藥鞏固治療，如銀花泌炎靈片等
現有的醫療手段對於尿路感染的主要治療方法就是對症支持治療和針對病原體的治療， 選擇不同的藥物治療不同的尿路感染以達到最佳療效。治療時還應維持水電解質平衡，對所有病人均鼓勵多喝水，喝水少的病人應給予輸液，保證每日尿量在2000ml以上。
部分尿路感染病人可配合服用現代中藥治療如銀花泌炎靈片。
