藥物流產並非是萬能的，由於藥流本身的技術不足或者方法不當，都可能對孕婦的健康帶來嚴重的危害。
1.引發炎症
藥物流產後胎囊一般會在當天排出，但是也會出現妊娠組織排出不完全的情況，致使子宮膜難以恢複，出現陰道持續性出血，可能會持續2-3周，嚴重者還會持續1-2個月。這樣長期的持續性失血很可能導致貧血症的發生，還可能引發子宮內膜炎。
2.成功率低
近年來，很多婦女都因為藥流不幹淨，需要到醫院做清宮手術，從而引發婦科炎症。更嚴重者，甚至會出現不孕的悲劇。之所以會這樣的原因是，在藥物流產中，其中起主要作用的藥物是米非司酮。而這種藥物才出現至今隻有十幾年，所以其臨床上運用的試驗還不夠充分、詳細。目前，藥物流產的成功率僅為75%。
3.導致不孕
藥物流產不徹底所致使的危害還包括：輸卵管阻塞、子宮和卵巢損害等，從而致使不孕的發生，對孕婦造成無可挽回的傷害。
4.反複藥流危害大
(1)首先需要明白的一點是，藥流是通過阻礙內分泌的正常功能而達到流產的目的，因此藥流對身體多少是有傷害的;
(2)藥流還會對卵巢造成一定的傷害，而且一般來說這種傷害的恢複時長也比較久。
(3)藥流可能引起持續性的出血，這會造成孕婦的貧血、免疫力低下，損害到身體的健康。
(4)藥流還可能造成陰道感染，這些對身體的傷害是不容小覷的。
還有一點需要強調的是，很多女性可能對藥流會有這樣的誤區，覺得藥流就像月經一樣正常，對身體不會造成傷害。因此對避孕措施沒有引起足夠的重視，懷孕後就進行藥物流產，有些人一年可能做2、3次，這對她們身體的傷害是極大的。
