肛門血栓治療的方法主要包括保守治療和手術治療，這是比較常見到的兩種類型，主要根據肛門血栓的輕重程度做判斷並不能一概而論。
1、保守治療：肛門血栓如果不是特別嚴重在生活當中隻是伴隨著有肛門部位偶爾疼痛的症狀，可以先選擇保守治療，主要是在生活當中保持大便通暢，選擇吃些水果和蔬菜，也要做好肛門部位清潔衛生，可以遵醫囑塗抹紅黴素軟膏和莫匹羅星乳膏等消炎作用的藥膏，對於血栓的消退會有幫助作用。
2、手術治療：肛門長出了血栓，如果比較嚴重，在保守治療一段時間後沒有達到理想的效果，要到醫院就診，讓專業醫生通過手術方式把局部形成的血栓切除掉。
