有多種多樣病症都和支原體感染相關。支原體在感染肺髒後可造成非典型性肺炎，在最近幾年，這類非典型性肺炎患病率十分高，由於他基本上沒什麼特異性主要表現，因此在臨床醫學上也非常容易被錯診。那麼肺炎衣原體感染的原因有什麼呢？
該病之病原菌為肺炎衣原體。1965年Grayston初次在一台灣少年兒童之結膜炎分必物中，分離出來出一株與別的支原體不一樣的支原體，那時候取名為TW(Taiwan)-183。1983年又在美國西雅圖1名亞急性呼吸係統感染的在校大學生咽喉部分必物中，分離出來出另一株支原體而取名為AR-39(acute respiratory-39)，後經科學研究評定，發覺此兩棵實則同一種支原體，其包涵體形狀與鸚鵡熱支原體相近，但其網狀結構體超微結構、單克隆抗體反映及DNA同源性均不同於砂眼及鸚鵡熱支原體，1989年宣布取名為TWAR，別稱肺炎衣原體，為支原體屬中之第三種支原體。
肺炎衣原體的形狀與另二種支原體有不一樣，但類似鸚鵡熱支原體，包涵體為高密度橢圓狀，沒有糖元碘染色劑呈陰性。透射電鏡下原體典型性為梨型，也可以呈多形性，均值直徑380nm，周邊原槳區很大;始體為球型，均值直徑510nm。
肺炎衣原體的關鍵外膜蛋白(MOMP)為關鍵結構蛋白，其最重要的是熱休克蛋白(HSP)，是其關鍵的發病物質，特別是在與血管子宮內膜損害及主動脈粥樣硬化的產生息息相關。現階段孰知有兩個血清型。
組織塑造較別的支原體艱難，能用Hela體細胞、229體細胞、HEP-2(人喉癌)體細胞、Mc Coy體細胞及MTED(人支氣管上皮細胞)細胞培養，在其中HEP-2體細胞最比較敏感。
