1.病人有肺和呼吸道的症狀，如慢性咳嗽，或在慢性咳嗽的基礎上咳嗽加重，咯血或痰中帶血，以及哮喘或喘鳴等，要找出病因和病變部位。
2.肺內炎症改變、肺不張、肺門增大、肺門或肺內塊影等異常肺部影像學檢查，可發現病灶並確定病變性質。
3.術前檢查及定位某些氣管、支氣管腫瘤或中心型肺癌，為明確病變的位置，以判斷是否需要手術切除和切除範圍。
4.激光血卟啉檢測痰中的肺癌，而胸部影像學檢查陰性，以尋找病灶，或通過激光血卟啉來早期發現肺癌。
5.觀察放療、化療和手術後的療效，觀察是否複發，肉芽增生或狹窄等情況。
6.對肺內病灶、肺底隆脊和肺門處的病灶，經氣管、支氣管鏡無法到達的活檢，可采用鏡下針吸活檢。
7.聲帶麻痹檢查原因不明。
8.食管癌上、中段食管癌是否侵犯氣管、支氣管。
9.胸腔手術後分泌物瀦留所致肺不張可通過床旁支氣管鏡及時吸出，可使肺複張。
10.切除的支氣管阻塞病變如良性小腫瘤、肉芽組織。
11.支氣管胸膜瘺經支氣管鏡檢查發現瘺口，將纖維蛋白膠等粘堵劑注入瘺口。
12.對氣管、支氣管進行激光治療或近距離放射治療。
13.輔助氣管內插管和氣管插管的定位，特別是雙腔管插管。
14.對於肺癌、間質性肺疾病或免疫缺陷病，支氣管肺泡灌洗可用於治療肺炎、哮喘、慢性支氣管炎或肺化膿症。
