扁平疣是感染了HPV病毒引起的，這一病毒性皮膚疾病的傳染率很高，不及時治療還可能會增加宮頸癌的發病率，去除扁平疣的方法中常見的有激光法，冷凍治療法，藥物去除。
一、激光治療去除
眼部扁平疣的治療方法很多，激光治療法就是其中的一種。激光治療眼部扁平疣的原理是應用激光儀產生的高強度的光束，而對扁平疣進行很好的治療，治療完後，最大的好處是，沒有疤痕的印記，所以利用激光治療眼部扁平疣是很多人采用的治療眼部扁平疣的方法。
二、冷凍治療去除
冷凍治療是利用能夠引起低溫的物質致冷劑作用在病變的組織，使其發生壞死、脫落而達到治愈。致冷劑有多種，目前最常用的是液體氮。冷凍治療適用於尋常的扁平疣的去除，包括去除眼部扁平疣。
三、藥物去除
眼部扁平疣還可以通過藥物治療進行去除，外用藥物可采用維a酸軟膏、咪喹莫特軟膏等治療。也可通過內服中藥進行治療，嚴重者可口服異維a酸膠囊治療。 注意：抗病毒藥物為處方藥，需有醫生處方才能購買，並且必須在醫生指導下進行使用。
四、偏方去除
香附外洗方 用香附、板藍根各30克，木賊10克，用水煎煮後晾溫外洗患處，每天洗一次，連續洗2-3周，可以用於治療因風熱客於肌膚所導致的扁平與。 地膚子外洗方 將150克地膚子，用1000毫升水煎煮濃縮至300毫升後過濾去渣，然後加入50克白礬，待白礬融化冷卻後狀瓶備用。使用時用棉球蘸藥塗抹於患處，並稍用力塗搽，使局部紅潤為度，注意不要漏掉每一處患處，每日搽藥3-6次，治療期間禁止使用化妝品。
薏苡仁外洗方 將薏苡仁30克，製香附、木賊草各20克，加水600毫升，浸泡20分鍾後，用大火煮沸後再以文火煮30分鍾，待水溫後，用蘸洗患處，注意洗搽時稍用力，使藥物能夠滲入皮膚，每次洗10分鍾左右，每日2次，連續20天左右即可是疣體苦味，漸漸脫落。 紅花茜草酒 用紅花15克，茜草15克，75%的酒精200毫升，將紅花、茜草浸泡於酒精中，瓶口密閉，每日搖動數次，1周後，取酒精外擦患處，每日2-3次。 薏仁粥 用薏苡仁50克，煮熟至薏仁裂開為度，加白糖少許，將薏仁連湯一起服下，每日1劑，兒童了酌情減量，多數可於7-10劑後疣快即可脫落。
五、眼部扁平疣注意事項
1、眼部扁平疣患者應當注意保持局部幹燥清潔，避免用手摳抓局部病灶部位，防止疣體破裂病毒感染至其他區域。 2、眼部扁平疣患者的機體免疫力較常人低下，平時應當注意適當鍛煉，調整飲食，提高免疫力。
