河豚魚雖然說吃起來的時候非常美味，但還是要注意這種魚類當中有非常多的部位都是有毒的，要是吃到有毒的部位就可能會導致自己出現食物中毒的情況，比較嚴重的患者還會直接危及到自己的生命，所以不能夠掉以輕心，在食用之前的時候就必須要先去除掉河豚魚當中的肝髒和生殖腺的。
河魨毒素所在部分和季節上的變化河魨毒素所在部位為魚體內髒。其包括：生殖腺、肝髒、腸胃等部位，其含毒量的大小，又因不同養殖環境及季節上變化而有差別，按長江河魨和人工養殖河魨的實例證明，各器官毒性比較如下：卵巢→脾髒→肝髒→血筋→眼睛→鰓耙→皮→精巢→肌肉。養殖河魨(2齡以上)其器官毒性比較與野生河魨一致，但含毒素量較低。
生殖腺
就是卵巢及精巢。卵巢含劇毒，為河魨含毒量最大的強毒部分之一。精巢是微毒或無毒;卵巢與精巢為長圓形，位於腹腔後部，肛門附近。二者在生殖時期，易於辨別，睾丸為乳白色，卵巢為淺黃色;橫斷切麵，精巢呈白乳糜狀，而卵巢則呈顆粒狀;但秋後因生殖期已過，卵巢與精巢皆呈萎縮，二者間較難辨別。
肝髒
為一較大縱長的器官，位於腹腔的右側，上接膨大的胃部，下部尖端達肛門附近，呈灰褐色，內側具有一綠色的膽囊。肝髒為河魨劇毒部分，食河魨時宜特別注意在食前務必剖除幹淨，人工養殖的可以通過油煎後食用。
皮膚和血液
皮膚含毒量因河魨種類而異，河魨皮膚含毒量甚微或無毒。血液特別是兩塊所謂脊血塊即脾髒含有劇毒。
肌肉可視為無毒，所以隻要挖去河魨的內髒，再剝去皮，洗得幹淨，是不會有毒的。但河魨死後較久，內髒的毒素溶在體液中，時間一久，可以滲入肌肉，不可不防。特別是製作魚片(魚生)，用2%～5%堿液浸洗，更加安全。
河魨的卵巢和肝髒為河魨內髒中第二大劇毒髒器，其含毒量的多少，常隨季節上的變化而有差異，每年2～5月為卵巢發育期，毒性較強，到6～7月後，產卵期已過，卵巢萎縮，毒性亦減弱。肝髒和卵巢相同，普遍亦為春季毒性較強。此外，不同種類，其含毒量也不一致，而且即使同一種，有時含毒也不一致，一般雌的比雄的毒性強。
