現在大部分家庭中，如廁、洗漱、淋浴都在衛生間裏進行，牙刷、漱口杯、毛巾等與馬桶共處一室，自然很容易受到細菌汙染。因此，應養成衝水時蓋上馬桶蓋的習慣。
馬桶內的髒物及時清洗
馬桶容易沾染尿漬、糞便等汙物，衝水後如果發現仍留有殘跡，一定要及時用馬桶刷清除幹淨，否則容易形成黃斑汙漬，也會滋生黴菌和細菌。
除了管道口附近，馬桶內緣出水口處和底座外側都是藏汙納垢的地方，清洗時先把馬桶圈掀起，並用潔廁劑噴淋內部，數分鍾後，再用馬桶刷徹底刷洗一遍，最好用細頭的刷子，這樣能更好地清潔馬桶內緣和管道口深處。然後再刷洗底座和其他縫隙。
馬桶圈細菌多要重點清潔
複旦大學公共衛生學院鬱慶福教授指出，調查發現，32%的馬桶上有痢疾杆菌，其中一種名為“宋內”的痢疾杆菌在馬桶圈上存活的時間長達17天;另一份實驗報告也指出，將1億個脊髓灰質炎病毒投入馬桶內，濺到座圈上的病毒竟有3000個。同時，不少人冬天喜歡在馬桶上套個絨布墊圈，這樣更容易吸附、滯留排泄汙染物，傳播疾病的可能性更大。
汙染如此嚴重的地方恰恰和人們皮膚的接觸最“親密”，因此要重點進行清潔，每隔一兩天應用稀釋的家用消毒液擦拭。
至於布製的墊圈最好不用，如果一定要使用的話，應經常清洗消毒。如果有條件，不妨換一個具有抗菌功能和防濺設計的座便器。
平時也可以在水箱中放置漸溶式自動潔廁劑或掛上壁掛式消毒栓，通過每次衝洗達到清潔、除垢、消毒除菌的效果。
大多數家庭都會在馬桶邊設一個廢紙簍，存放使用過的廁紙，但這樣會造成細菌隨空氣散播，因為很少有人能做到隨時清理，至少都會存放一兩天，而時間越長，滋生的細菌就越多。
應該將廁紙丟進馬桶內衝走，隻要不是太厚、太韌，廁紙一般都能在水中很快變軟，所以不用擔心堵塞。有需要時，備一個衛生袋就可以，沒必要再設廢紙簍。如果一定要用，也要選帶蓋子的，以防細菌散播，並及時處理用過的廁紙。
