男性勃起疼痛主要與外傷及生理疾病有關，
1、外傷：雖然陰莖位置隱蔽，而且平時體積也比較小，但還是有外傷的可能。通常是騎在硬物上，撞到陰莖上。陰莖表皮損傷主要是由於蟲咬傷引起的。很少男性會因為性生活過於激烈或突然改變方向而導致陰莖折斷。
2、皰疹病毒感染：有些病毒侵犯陰莖後，常引起疼痛，常見的是生殖器皰疹。在感染後，陰莖會有灼燒、瘙癢、疼痛等現象。
3、前列腺炎：前列腺的炎症常導致陰莖疼痛。
4、非淋病性尿道炎：非淋病性尿道炎是由解脲原體、沙眼衣原體及毛滴蟲等引起的尿道感染，主要通過性行為傳播。病人除發現尿道有膿性分泌物外，還有小便時疼痛，陰莖周圍有灼熱、疼痛、發癢等。
5、勃起異常：有時勃起還會導致陰莖疼痛。當陰莖勃起的動脈中有血塊時，血液無法從陰莖流出，使陰莖勃起的時間大大超過正常，形成劇烈的疼痛。
6、陰莖彎曲症，是由於陰莖內形成疤痕組織而導致的一種漸進性疾病。病態組織在陰莖上形成斑塊。陰莖勃起時，斑塊使陰莖彎曲並疼痛。有時候斑塊會自行消失，有時必須通過手術進行修正。
陰莖疼痛不是正常的生理表現，很可能是疾病在作怪，有些疾病還會傳染，可能是通過性生活傳染給愛人，所以建議男性有陰莖勃起疼痛的時候要及時地去醫院檢查，治療的關鍵是正確的治療。
