巧克力囊腫主要出現在女性的卵巢裏麵，如果囊腫得不到及時治療而出現破裂的情況，會給女性造成諸多傷害，比如會導致不孕，會導致女性月經不調甚至引起彌漫性腹膜炎等疾病。
1、導致不孕
巧克力囊腫會造成輸卵管機械性堵塞，影響卵巢的排卵功能，影響患者營養，如雙側卵巢癌使卵巢的大部分組織破壞，不孕的發生率較高。因此卵巢巧克力囊腫會引起輸卵管堵塞，從而造成不孕。
2、導致彌漫性腹膜炎
囊腫破裂後，小的破口可以很快自行愈合，並與周圍組織形成粘連；如果破口較大，則無法自行愈合，其濃稠的巧克力樣囊內液可流入腹腔這種巧克力樣液體的刺激性極強，可刺激周圍的腹膜，引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致彌漫性腹膜炎，卵巢巧克力囊腫的危害造成致命的後果。
3、月經不調、腹痛、性生活痛
巧克力囊腫會引起囊腫的破裂，囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可造成盆腔器官的粘連。卵巢巧克力囊腫可以在沒有誘因情況下自發破裂，粗暴或劇烈的性生活，尤其是經前期性生活，常是常見的導致囊腫破裂的重要誘因。
4、造成盆腔器官的粘連
巧克力囊腫經過一段時間後，囊內積血再次增多、壓力再次增大時，又可發生自發性破裂。囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可造成盆腔器官的粘連。
