漫性乙狀結腸炎的發病原因有四種:
感染：漫性乙狀結腸炎的臨床表現和臨床症狀與一些乙狀結腸感染病症(如細菌性痢疾)類似，因此有的人覺得感染是該病的發病原因。在病菌、細菌和病毒感染等多種多樣要素中，現階段的研究表明病毒感染的可能性很大。
自身免疫作用：數學課者覺得漫性乙狀結腸炎歸屬於本身免疫係統疾病。由於該病高並發免疫性疾病(如本身免疫係統疾病溶血性貧血)者較多，腎上腺生長激素能使病況減輕，在一部分病人的血細胞中可查出抗乙狀結腸鱗狀上皮細胞抗原，因此覺得該病的產生可能與自身免疫反映相關。
精神要素：有些人覺得精神要素在病發中起一定功效，病人多有一些性格特點，針對日常生活大事件的心理狀態承受力和適應能力差，屬心身疾病一類，心身疾病注重內心要素在病症的產生或現病史中起關鍵功效。
基因遺傳要素：漫性乙狀結腸炎的血緣關係家中患病率較高，潰瘍性結腸炎患者的直係血緣關係家屬中，約15-30%的人病發。
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