舌咽神經痛有原發性和繼發性兩種類型，其病因分別如下：
原發性舌咽神經痛病因多數不明，部分患者發病前有上感病史，一般認為由於舌咽神經與迷走神經的脫髓鞘變化，引起舌咽神經的傳入衝動與迷走神經之間發生短路，導致舌咽神經出現痛性抽搐。
繼發性舌咽神經痛一般由以下因素導致：
1、顱內舌咽神經受損，可有腦橋小腦角和顱後窩腫瘤、上皮樣瘤、局部感染、血管性疾病、頸靜脈孔骨質增生、舌咽神經變性。
2、顱外的舌咽神經受損，可有莖突過長、鼻咽部和扁桃體區域腫瘤、慢性扁桃體炎、扁桃體膿腫等。
嚴重的舌咽神經痛患者可並發不自主咳嗽、喉痙攣、唾液分泌過多等迷走神經亢進的表現；部分患者合並有三叉神經痛。偶見疼痛發作時伴心跳暫停、昏厥、抽搐等。此外，本病術後可能發生以下疾病：
1、術後顱內感染
該手術是無菌手術，嚴格無菌操作是防止術後感染的最有效措施。術前體內有明確感染性病灶的病人應推遲手術，先清除已有的感染。一旦經腰穿明確腦脊液有細菌性感染，應根據臨床判斷和細菌學檢查選用有效抗菌素，並使用有效劑量治療。
2、腦脊液漏
腦脊液漏均為關閉切口不當所致。原因是該手術入路硬腦膜不易縫合嚴密，和乳突氣房開放的病例，骨蠟不易將氣房徹底封閉牢固。切口腦脊液漏通常是皮下縫合不嚴，加縫1-2針就可以停止。如果有腦脊液經乳突氣房-耳咽管漏出，導致嚴重低顱壓和頭痛，則需要重新拆開切口，修補硬腦膜破口，封閉乳突氣房。
3、術後顱內血腫
術後硬腦膜下或小腦內血腫是嚴重並發症，雖然發生率在0.5％以下，但常可致命。術中處理岩靜脈不當是發生血腫的主要原因。岩靜脈是小腦和腦幹外側的重要引流靜脈，大多數病人的岩靜脈切斷後可以通過其他引流靜脈代償，然而個別岩靜脈特別粗大的病人，切斷後可能導致小腦的淤血性梗死和小腦內血腫。岩靜脈斷端未能妥善處理，在拔除氣管插管、咳嗽、憋氣等動作使靜脈竇壓升高時破裂出血，是造成硬腦膜下血腫的常見原因。病人有凝血機製障礙也可以導致術後顱內血腫，術前檢查一定要排除此類病人。
處理好下岩靜脈是防止顱內血腫的最重要措施。如果下岩靜脈足夠長，遊離後不妨礙舌咽迷走神經的顯露，則不要輕易將其切斷。手術後第一個24小時要嚴密監測病人的意識狀態、血壓、脈搏等體征，如果停止麻醉後應清醒而未清醒或麻醉清醒後再次出現意識障礙，生命體征不穩，均應立即行後顱凹CT掃描，及時發現顱內血腫。證實有後顱凹血腫的病人應立即再次手術清除血腫並徹底止血，不能存有僥幸心理。
4、腦幹和顱神經損傷
顱神經損傷主要與手術經驗不足、操作失誤有關。腦幹損傷多是供應腦幹的血管損傷所致，因此在遊離神經根周圍的血管時動作要輕柔，不得牽拉損傷進入腦幹的細小分支。
舌咽神經痛臨床表現基本可概括為以下幾點：
1、好發年齡：35-50歲。
2、發病部位：扁桃體區、咽部、舌根部、頸部、耳道深部、下頜後區處。
3、疼痛性質：陣發性劇痛，如刀割樣、電擊樣，痛性抽搐。
4、疼痛時間：早晨、上午頻發，睡眠時可有發作，此點可與三叉神經痛鑒別。
5、有異物感、梗塞感：發病時咽部、喉部有異物感和梗塞感，而導致頻頻咳嗽。
6、疼痛激發因素：觸診可使疼痛發生，也稱“扳機點”。常見於扁桃體區、外耳道、舌根處。每當吞咽、咀嚼、打哈欠、咳嗽均可誘發疼痛。
7、有間歇期。
8、患者有脫水、消瘦。主要是由於懼怕疼痛，少進食所引起。
9、嚴重者可有心律不齊、心跳停止、昏厥、抽搐、癲癇發作、喉痙攣、腮腺分泌過多等現象。
預防舌咽神經痛，在日常生活中，注意要改變不良的生活習慣，例如：生活不規律、吸煙、喝酒、偏食、吃刺激性、過度油膩的食物等此外，頸靜脈孔區、顱底、鼻咽部、扁桃體等的腫瘤和局部蛛網膜炎或動脈瘤的患者可以繼發本病，應引起重視
舌咽神經痛可通過以下實驗室檢查和影像學檢查來確診：
一、實驗室檢查
1、血常規、血電解質一般無特異性改變，發病時血象可稍偏高。
2、血糖、免疫項目、腦脊液檢查如異常則有鑒別診斷意義。
二、影像學檢查
血管造影、CT及MRI等檢查：部分病人可發現顱底畸形血管。
以下檢查項目如異常，則有鑒別診斷意義。
1、腦電圖、眼底檢查。
2、顱底攝片。
3、胸透、心電圖。
舌神經痛患者宜多吃黑豆、馬鈴薯、小黃瓜、芹菜等；避免攝取過多的動物性蛋白，少吃肉，也可采用以下食療方：
1、炒茄子
[用料]茄子、調料適量。
[製作]茄子去蒂，一切為二；以刀在茄子表皮劃上斜紋，浸入稀鹽水中；瀝幹水分，放進油鍋，以大火快炒；炒至快焦時，加入適量的砂糖及醬油，以中火煮上4～5分鍾。然後再將火調小，繼續煮，待菜汁隻剩原來的1/3時，加入調料即可熄火；將煮好的茄子盛入碗中，撒一些白芝麻，即可食用。有一定的止痛作用。
2、豆芽沙拉
[用料]豆芽、洋蔥、青椒、火腿、調料等適量。
[製作]熱水加點鹽，將豆芽放進去燙一下，立即取出備用；將火腿、青椒切成細絲，並用開水燙一下，取出撒些鹽；洋蔥切成薄片，浸水，然後取出，瀝幹水分。把以上各料放在盆中，加醋拌勻，即可食用。
舌咽神經痛治療方式多樣，具體包括如下：
1、藥物治療凡治療原發性三叉神經痛的藥物均可應用於本病，可使疼痛發作次數減少或減輕，有的可消失。如卡馬西平100mg，3次/d，以後每天增加100mg，直至疼痛停止。最大量不應超過1000mg/d，以後逐漸減少，找到最小有效量，維持服用。副作用有眩暈、思慮、惡心，部分有皮疹、白細胞減少等。苯妥英鈉100mg，3次/d，最大量每天不超過600mg。七葉蓮片3～4片，3次/d，或其他鎮靜鎮痛劑，亦有療效。
2、局部注射療法經藥物治療效果不理想或症狀嚴重者，可進行藥物神經注射治療。藥物可應用無水乙醇0.5～1ml、山莨菪堿(654-2)溶液10～40mg，維生素B121000～4000μg/次。注射方法有以下兩種：
咽部入路：咽部噴以1％～2％丁卡因，取長針頭，用標誌定出2cm長針尖，經扁桃體上極外及鉤狀突下方進針，如注射右側，則空針應位於左上雙尖齒下方，先進針1cm，後再緩慢刺入1cm，刺中後病人即感劇烈耳痛，然後注入2％普魯卡因1～2ml，10min後檢查局部疼痛消失，而又無其他腦神經麻痹時，再注入藥物。
乳突尖端入路：患側朝上側臥位，常規消毒，於同側下頜角與乳突連線的中點，以2％普魯卡因2～5ml垂直注射於皮下1.0～1.5cm深處後，用9號腰穿針垂直或稍向前方刺入，深度4～5cm，穿刺時病人可感同側口角、舌、下唇、下頜或咽及顳部稍麻木感。用空針抽吸無血液後，注入少量2％普魯卡因，5～10min後可出現同側咽壁不同程度癱瘓及感覺障礙。吞咽困難或聲嘶，或出現同側Horner征，或出現同側抬肩及胸鎖乳突肌無力等。再緩慢注入藥物。注射山莨菪堿(654-2)及維生素B12時每周治療2～3次，10次為一療程。
3、射頻電凝術有報告指出穿刺頸靜脈孔用射頻電凝舌咽神經，可治療舌咽神經痛。具體方法是：患者仰臥於放射攝片台上，術中在血壓及心電監護下施行，當出現血壓下降和心率下降時，表明發生了必須予以避免的迷走神經受累。電極作用麵積7mm，穿刺的進針點在口角外側35mm，下方0.5mm。術者將定標放在患者口腔控製電極穿刺方向，當遇到骨組織時，攝側位片和沿電極方向的斜位片。根據攝片中頸靜脈孔的位置，在電視下糾正穿刺方向，使電極尖到達頸靜脈孔神經部。先用0.1～0.3V低電壓刺激，若出現半側咽、扁桃體和外耳道感覺異常，且無副神經反應和血壓與心電圖改變，表明穿刺部位正確。於是緩緩持續增溫，若無迷走神經反應出現，升溫至65～70℃，電凝60s即可造成孤立的舌咽毀損灶。若在升溫過程中出現迷走神經反應，應立即停止電凝，並給阿托品0.5～1ml，數分鍾內可恢複，複發後可重複電凝。
4、手術治療舌咽神經痛嚴重，而保守治療無效者應考慮手術治療，具體包括舌咽神經根切斷術和神經血管減壓術。
舌咽神經根切斷術：局麻或全麻下耳後切口，乙狀竇下緣入路開顱。打開硬腦膜，放出腦脊液減壓，抬起小腦，暴露出頸靜脈孔，辨認彙集在該孔的舌咽、迷走及副神經。舌咽神經位於最前方，單根較粗，與迷走神經之間有明顯的狹窄間隙。迷走神經由數根細小纖維束所組成。局麻時分離迷走神經時可引起嘔吐，用神經鉤將舌咽神經鉤起，這時將引起劇烈疼痛，如疼痛部位與臨床相符，可用鉤刀或微型剪刀將神經切斷。如疼痛部位涉及外耳深部，為迷走神經耳支影響所致，應同時切斷迷走神經前方1～2根根絲。切斷舌咽神經時少數可有血壓上升，切斷迷走神經時有時可心髒發生期外收縮、血壓下降、心髒停搏等副作用，手術時應密切觀察。神經切斷後疼痛不再發作，同側舌後1/3味覺喪失，軟齶、扁桃體區及舌根部麻木，咽部幹燥不適，輕軟齶下垂及短暫性吞咽困難。自神經血管減壓術應用臨床後，不僅解除了疼痛，又保留了神經的完整，優點較多。但有的病人術中未發現壓迫的血管，手術仍有一定的複發率，故神經切斷術仍然是本病治療的有效方法之一。
神經血管減壓術：麻醉、切口、骨窗形成和硬腦膜切開均與麵肌痙攣微血管減壓術相同。顯露頸靜脈孔和舌咽、迷走、副神經，將小腦半球向內上方牽開，刺破蛛網膜，放出腦脊液，待腦壓降低後，將小腦半球向後內和上方牽開，找出頸靜脈孔和舌咽、迷走、副神經。舌咽和迷走兩神經自腦幹發出後，向前、向內走行至頸靜脈孔、副神經根與小腦腦橋角處向前行走。舌咽神經僅一根，且較迷走神經粗大，單獨自蛛網膜包裹，獨自穿過一個硬腦膜孔，很容易與迷走神經的根區別。顯露壓迫神經的血管襻。多在舌咽、迷走神經出腦幹處，可見椎動脈或小腦後下動脈壓迫神經。在顯微鏡下細心遊離壓迫神經的動脈，並在神經與血管間填入適當大小的滌綸片或特氟隆棉。對與舌咽神經粘連的增厚蛛網膜和小腦亦應進行鬆解。然後使病人試咽口水或飲少許液體，如疼痛消失，手術即告成功。