本病病原體種類很多，以柯薩奇A組病毒(1～6、8、10、22)、皰疹病毒、EB病毒較多見。勞累過度、過敏體質、氣溫突變、身體受涼等刺激，使身體免疫能力低下，易患此病。皰疹性咽峽炎是一種常見的傳染性疾病，以嬰幼兒患者最常見。
主要通過飛沫、唾液、及皰疹液直接接觸傳播。病毒自鼻咽、口腔侵入至呼吸道及消化道局部黏膜，在黏膜上皮細胞，以及咽部或腸壁淋巴組織居留和增殖。病毒由原發灶經淋巴通道擴散至局部淋巴結，或進入血循環產生病毒血症，到達全身各髒器，引發各種病變。
純潔皰疹性咽峽炎是由純潔皰疹性咽峽炎病毒感染引起，人體是其唯一宿主。當機體抵抗力降低時，促使本病出現。病理上風頭為表皮內水皰、表皮壞死、多核上皮巨細胞、嗜酸性核內包涵體和中性白細胞及淋巴細胞炎症浸潤；帶狀皰疹性咽峽炎則是由體內埋伏的水痘-帶狀皰疹病毒被激活後引起的。
皰疹性咽峽炎愈後良好，一般無並發症。部分病兒皰疹性咽峽炎反複發作，影響患兒的日常生活，危害患兒的身體健康，因此一定要及時治療。
皰疹性咽峽炎是一種急性傳染性、發熱性疾病，是由許多A組柯薩奇病毒，偶爾也有其他腸道病毒所引起。其特點為皰疹性潰瘍性粘膜損害。
臨床特征為驟起高熱伴有咽喉痛、頭痛、厭食，並常有頸、腹和四肢疼痛。在嬰兒常發生嘔吐和驚厥。起病2日內口腔粘膜出現少數、小的(直徑1~2mm)、灰白色皰疹，周圍有紅暈。多見於扁桃體前部，但也可位於軟齶、扁桃體、懸雍垂、舌部等。在以後的24小時內水泡破潰變為淺潰瘍，直徑一般在5mm以下，1~5日內愈合。
皰疹性咽峽炎是一種特殊類型的感冒，病原體為柯薩奇A組病毒多發生在嬰幼兒，以夏秋季最常見家長要鼓勵患兒多飲冷開水或清涼飲料，喂綠豆稀飯、爛麵條等清淡又容易消化的食物，少吃多餐
同時，要注意保持孩子個人和室內的衛生，盡量不帶孩子去嘈雜的公共場所但家長必須注意的是，這種病起病急，孩子得病後體溫迅速升高，容易導致高熱抽搐如果孩子抽搐，在迅速送往醫院的同時，家長可以掐住患兒的人中穴，不斷呼喊患兒名字同時防止孩子在抽搐時咬傷舌頭抱孩子的姿勢一定要正確：首先要鬆開孩子的衣領，讓頭偏向一側，這樣才能保證孩子呼吸順暢千萬別仰頭抱孩子，影響孩子呼吸據觀察，皰疹性咽峽炎預後良好，經正規抗炎治療一周左右即可治愈
根據急性發熱起病，口腔有丘疹水皰性損害及培養出柯薩奇或埃可病毒，即可診斷。它與一些口腔有水皰的病毒性疾病鑒別。實驗室檢查白細胞增高。取咽部皰液或大便，經組織培養或接種於乳鼠可得致病病毒。此外，還可取急性期及恢複期血清進行特殊的中和抗體、補體結合或血凝抑製試驗，以助確診。
1、飲食上要注意保持清淡。要多喝溫開水，多給孩子吃一些富含維生素的青菜、水果等。可取適量綠豆、苦瓜、薏米、大米等煮粥或湯，放涼後適量給患兒飲用。
2、盡可能少吃煎、炸類的油膩食品。
3、忌食刺激性食物，如酸、甜、辣、鹹、熱、硬等。尤其要注意不吃過熱、過冷的食品，避免刺激口腔破潰部位引起疼痛。
1、注意口腔衛生，保持口腔清潔，可用淡鹽水漱口。
2、用10％硝酸銀塗於潰瘍或用咽喉靈丹、冰硼散，以減輕咽痛症狀。
3、口服維生素C及維生素B等。抗生素對病毒性咽炎無效，但如有發熱，應給予抗菌藥物治療，以便控製繼發性細菌感染。
4、如果診斷為皰疹病毒，應用抗病毒藥加降火解毒消炎藥。皰疹性咽峽炎多用更昔洛韋。