咽峽炎常為上呼吸道感染的一部分，也可單獨發生。多發生於秋冬及冬春之交。其具體發病原因如下所述。
1、病毒感染：以柯薩奇病毒、腺病毒、副流感病毒多見，多通過飛沫和親密接觸傳染。
2、細菌感染：以鏈球菌、葡萄球菌和肺炎雙球菌為主，還有梭形杆菌等。若細菌或毒素進入血液，甚至發生遠處器官的化膿性病變。
3、其他病菌：螺旋體等。
4、誘因：很多致病菌都是條件致病菌，平常共生於健康人的口腔中，而不致發病。但在機體抵抗力下降時，如過度疲勞、營養不良、壓力過大、情緒低落、環境衛生條件差、維生素缺乏、胃腸道疾病、口腔不潔、齲病、惡病質、血液病、中毒等，皆可誘發本病。也可因為共用餐具而傳染致病菌。
咽峽炎很容易誘發腎炎（慢性腎盂腎炎）和心髒病。樊尚咽峽炎的極少數病例會並發壞死性口炎。但大多為輕型病例，有自限性，1～2周好轉。
咽峽炎分為兒童皰疹性咽峽炎和樊尚咽峽炎（又叫潰瘍性咽炎或潰瘍性扁桃體炎），其具體臨床表現如下所述。
1、兒童皰疹性咽峽炎，多見於3～10歲兒童，好發於夏秋季。同一患者可多次發生，每次由不同型別病毒引起。潛伏期3～10天。多以突發高熱開始，24h～48h可達高峰，升至39℃～41℃，伴頭痛、咽部不適、肌肉疼痛等，嬰幼兒常有嘔吐、拒食，甚而發生高熱驚厥。但大多為輕型病例，有自限性，1～2周好轉。
2、樊尚咽峽炎的症狀隨病變輕重而不同。有6～7天的潛伏期。主要症狀是咽痛，多為單側，伴有頭痛、背及關節疼痛，全身不適，可伴有低熱，一般不超過38.5℃，全身症狀較急性扁桃體炎為輕。而繼發於血液病者，則全身症狀較重。患者常有口臭，舌苔厚。病變多局限於一側扁桃體，也可累及齶弓、牙齦及咽壁。病變處覆有厚而汙穢的假膜，呈黃色或灰白色，為潰瘍的壞死物所構成，易於拭去，拭去後潰瘍麵上有小出血點。患側下頜角淋巴結常早期腫大，有觸痛。
咽峽炎的預防首先應保證充足的睡眠，同時隨氣溫變化及時增減衣服堅持鍛煉身體，提高機體抵抗力戒除煙酒，多飲水，加強營養，避免挑食及熬夜，注意休息，避免勞累
咽峽炎檢查可見咽峽明顯充血，部分可見軟齶、懸雍垂水腫。頜下淋巴結腫大，且有壓痛。
兒童皰疹性咽峽炎，在軟齶的後部、咽、扁桃體等處可見紅色的暈斑，周圍有特征性的水皰疹或白色丘疹(淋巴結節)。
樊尚咽峽炎者常有口臭，舌苔厚。病變多局限於一側扁桃體也可累及齶弓、牙齦及咽壁。病變處覆有厚而汙穢的假膜，呈黃色或灰白色，為潰瘍的壞死物所構成，易於拭去，拭去後潰瘍麵上有小出血點。
血常規檢查若白細胞總數及中性粒細胞增高，提示細菌感染，若不增高，則可能為病毒感染。
咽峽炎患者宜吃清熱解毒的食物，如檸檬；抗菌消炎的食物，如香椿；可以增強人體免疫力的食物，如鯽魚湯。忌吃油膩的食物，如羊油、牛油、豬油等；腥發的食物，如菊花茶、羊肉、鰱魚等；辛辣刺激的食物，如花椒、辣椒、生蒜等。
咽峽炎需要進行一般治療、抗感染治療、對症支持治療及局部治療，具體治療方法如下所述。
1、一般治療
臥床休息，避免勞累，注意保暖，保持心情舒暢，多喝水，吃稀軟食物，禁煙酒，禁止辛辣飲食，保持大便通暢。
2、抗感染治療
細菌感染者，可給予抗生素口服、肌肉注射或靜脈點滴，首選青黴素類或頭孢類，也可根據細菌培養及藥敏試驗結果選擇敏感抗生素。病毒感染者，可口服抗病毒衝劑、阿昔洛韋、泛昔洛韋等抗病毒藥，一天三次，也可靜脈點滴維生素C，一天一次。
3、對症支持治療
人體每天需要攝入2000毫升液體。如果咽痛劇烈不敢吞咽，可靜脈給予葡萄糖、生理鹽水、能量合劑等，補足生理需要量。發熱患者由於汗液蒸發，補液量應該更大。發熱38.5℃以上，可給予冰袋冷敷或酒精擦浴。兒童患者高熱容易出現驚厥，應在驚厥發生前積極降溫。
4、局部治療
複方硼砂溶液、生理鹽水或3％過氧化氫含漱。清咽滴丸6丸或點舌丸2丸含服，每天三次，可幫助減輕咽部不適症狀。