雖然藿香正氣水與藿香正氣液同來自同一方劑——藿香正氣散，但這兩種藥的配方不同，生產加工工藝也不相同，所以其功效和應用在臨床上也各有不同。
藿香正氣水是以60%酒精為有機溶劑浸製的中藥製劑，其劑量大、食量小、易於儲存，但味道不太好，而且對胃黏膜有刺激作用，因為它含有酒精，所以飲酒過敏者、駕駛員、小孩孕婦、年邁氣血虛者要謹慎使用。
藿香正氣液是以藥物煎去渣、取汁製成的液體製劑，與其他製劑相比較，具有消化吸收快、不含酒精、口感好等特點，便於老人、小孩服食，藥力接近於粉劑、丸劑與藥粉之間。
1、藿香正氣水對預防中暑有一定作用
根據中醫的觀點，中暑由熱內侵引起，並可分為熱、濕、陽三種類型。中暑是由於夏季受涼引起的，比如經常去中央空調房就會出現中暑症狀;濕暑主要是由於寒濕氣溫引起的，頭痛昏重、胸膈痞悶、脘腹脹痛、嘔吐泄瀉等病症;陽暑主要是由於寒冷濕氣引起的，比如：高溫引起頭昏、眼花、發燒等疾病。
藿香正氣水是不能治愈高溫中暑的，但能起到預防的作用。
2、細菌性腹瀉不宜服用
藿香正氣水雖然具有香化濕、補虛祛寒的功效，但僅適用於感冒腹瀉，不宜用於細菌性腹瀉。
人們在夏天吃東西時忽冷忽熱，喜歡吃生冷的食物，瓜果蔬菜，如果出現了腹痛腹瀉，可以選擇藿香正氣水來緩解。
3、不可與某些藥物同食
服用藿香正氣水，不可服用抗菌藥物、降血糖藥、抗抑鬱藥物等。在服藥期間還不能服用滋補養生性中藥方劑，如果是高血壓、心髒病、糖尿病、腎病等慢性疾病，都要在醫生指導下服用。
