本病可發生於手術後，或因病情需要而接受抗生素治療，機體的內環境發生變化，腸道菌群失調，使難辨梭狀芽孢杆菌得以迅速繁殖並產生毒素而致病。
1.立即停用原有抗生素
對疑診患者也要及時試停抗生素。對原發病必須使用者，可選用針對性強的窄譜抗生素。避免使用解痙劑和止瀉藥，防止毒素滯留於腸內。
2.對重症患者
應加強支持療法，糾正水、電解質紊亂，補充血容量，補充血漿、白蛋白，以增強患者的抵抗力，使患者度過危險期，為病因治療贏得時間。
3.病因治療
應選用針對病因有效的藥物如甲硝唑、萬古黴素等。
4.恢複正常菌群
可選用含嗜酸乳杆菌、雙歧杆菌等藥物口服，也可用灌腸來恢複患者腸道的正常菌群。
6.對藥物治療
反應不佳的多次反複的嚴重病例，必要時可考慮外科手術治療。
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