中醫之中有陰陽理論包括以下四個方麵：“陰陽對立、陰陽互根、陰陽消長和陰陽轉化”，這些是中醫中的陰陽學，而哲學上的陰陽理論則不是這些，哲學的陰陽隻有對立沒有統一，我們來看看古人是怎麼運用陰陽學的。
對立是本質的差異，在對立中，互相區別的不是任一他物，而是與自己正相反的他物，“對立統一”與“對立”，是兩個內涵完全不同的概念。
中醫學陰陽既包涵“對立統一”的關係，也包涵“對立”的關係
王叔和說：“桂枝下咽，陽盛則斃，承氣入胃，陰盛以亡”。桂枝湯辛溫屬陽，承氣湯苦寒屬陰。在此具體語境中，從哲學角度看，由於承氣湯之陰與桂枝湯之陽不在“同一”統一體中(不在同一張處方中)，故承氣湯之陰與桂枝湯之陽是“對立”關係。
事物陰陽屬性的絕對性，主要表現在其屬陰或屬陽的不可變性，即不可反稱性。如水與火，水屬陰，火屬陽，其陰陽屬性一般是固定不變的，不可反稱的。水不論多熱，對火來說，仍屬陰;火不論多弱，對水來說，仍屬陽。但是，《脾胃論》說：“既脾胃氣衰，元氣不足，而心火獨盛，心火者，陰火也”。《張氏醫通》說：“水腫有陰陽之辨，陽水者，脈息浮數，遍身腫……急宜疏鑿飲子”。在此語境中，由於陰火證之火性質屬寒，故稱“陰火”;陽水證之水性質屬熱，故稱“陽水”。所謂火不能反稱陰，水不能反稱陽的說法也不能成立。
從哲學角度看，由於陰火之陰與陽水之陽不在“同一”統一體中(陰火、陽水證不是出現在同一個患者身上)，故陰火之陰與陽水之陽是“對立”哲學關係。而像心陰與心陽，肝陰與肝陽，腎陰與腎陽等五髒陰陽，在此具體語境中，由於心陰之陰、肝陰之陰等與心陽之陽、肝陽之陽等此五對陰陽均在“同一”統一體中 (同一髒象之中)，故心之陰、肝之陰等與心之陽、肝之陽等是對立統一哲學關係。
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中醫學的陰陽之間還有助益、侵傷的關係
桂枝湯之陽既能助益人體之陽以祛除體表風寒之陰邪，又能助陽邪而侵傷人體之陰，故陽邪盛者，“下咽”則陰竭而斃。承氣湯之陰既能助益人體之陰以祛除陽明之陽邪，又能助陰邪而侵傷人體之陽，故陰邪盛者“入胃”多陽敗而亡。再如，補中益氣湯之陽既能助益人體之陽而愈陰火證，又能助陽邪而侵傷人體之陰，故脾胃陽邪盛者誤用補中益氣必陰衰而危。疏鑿飲子之陰既能助益人體之陰而治陽水證，又能助陰邪而侵傷人體之陽，故陰邪盛者倘服疏鑿飲子，多陽竭而殆。由此可見，在此具體語境中，張仲景、王叔和、李東垣、張石頑的語義指向是指向陰陽之間的助益、侵傷之中醫醫學關係，並不指向對立統一哲學關係。
中醫學陰陽有哲學陰陽和醫學陰陽之分
在張仲景、王叔和設定的具體語境中，承氣湯(以大承氣為例)屬陰之陰，指稱的是承氣湯中芒硝、大黃、枳實這三味陰性中藥物質及其對人體病變的陰作用等這些中醫醫學意義;桂枝湯屬陽之陽指稱的是桂枝湯中桂枝、炙甘草、生薑、大棗這四味陽性中藥物質及其對人體病變的陽作用等這些中醫醫學意義，已經有具體所指，並非抽象，故此陰陽是中醫醫學陰陽。趙獻可《醫貫》說：“陰陽之理，變化無窮。”在趙獻可設定的具體語境中，陰陽指稱的是天地萬物變化無窮的陰道理與陽道理這些哲學意義，故此陰陽是中醫哲學陰陽。
綜上所述，陰與陽之間既存在對立統一關係，也存在具體的對立關係。關於陰陽之間隻有對立統一一種哲學關係，認為陰陽理論就是對立統一理論，陰陽學說就是對立統一學說的陰陽闡釋理論很片麵。
中醫文本中之陰陽到底是中醫哲學陰陽還是中醫醫學陰陽，並不是固定不變的，而是隨著它們所處的具體語境的變化而不斷變化著的。但就中醫文本中陰陽所處的某一具體語境而言，陰陽兩個指稱語言符號指稱的是哲學陰陽，還是醫學陰陽則是確定的，不能把二者混為一談。
因此中醫的陰陽學說是有其特定的標準的，與哲學中的陰陽不同，中醫中的陰陽包括了哲學的陰陽，但是又高於哲學的陰陽，中醫學中的陰陽既對立又統一，既助益又侵傷。因此我們看待中醫的陰陽要單獨開辯證審視。
