小便時陰莖刺痛可能是因為前列腺炎、尿道炎、膀胱炎等原因所引起，具體原因需要做進一步檢查才能夠確診。
1、前列腺炎：前列腺液中會出現大量細菌、白細胞等成分，可能會出現乳白色分泌物症狀，可以遵醫囑口服頭孢克肟片、頭孢克洛緩釋膠囊、頭孢克洛分散片等藥物治療。
2、尿道炎：尿道炎大多是因為受到細菌感染所引起，會導致小便時陰莖刺痛，可以遵醫囑口服三金片、羅紅黴素分散片、阿莫西林膠囊等藥物治療。
3、膀胱炎：膀胱炎會導致患者出現尿頻、尿痛等症狀，所以會使陰莖刺痛，需要遵醫囑使用頭孢呋辛片、頭孢丙烯片、頭孢地尼片等藥物治療。
