1、非致病性微生物引起的肝實質性疾病
包括：酒精性肝硬化、藥物及化學毒物等所致的急慢性肝功能衰竭，先天性肝纖維化，囊性纖維性肝病，巨大肝囊腫，布一加綜合征，嚴重難複性外傷，自身免疫性肝炎等。
2、各種致病微生物引起的各類肝炎及肝硬化致肝功能衰竭，門靜脈高壓症
包括：HBV及HCV所致的急慢性重型肝炎、肝硬化，血吸蟲病，肝包蟲病等，其中HBV感染相關的急慢性重型肝炎、肝硬化、肝功能衰竭是目前我國最多見的肝移植適應證，幾乎占到所有病例的80%～90%，如何防治肝移植術後病毒再感染是這類疾病治療的重點。
3、先天性代謝障礙性疾病
如：Wilson氏病，糖原累積症，高氨血症，抗胰蛋白酶缺乏症，家族性非溶血性黃疸，酪氨酸血症等。此類疾病，患者由於某種物質代謝異常，可導致患兒早年夭折或發育異常，是小兒肝移植中較多見的適應證。
4、膽汁淤積性疾病
如先天性膽道閉鎖，原發性膽汁性肝硬化(PBC)，硬化性膽管炎(PSC)，繼發性膽汁性肝硬化，卡洛裏氏病，肝內膽管閉鎖(Byler氏病)等，這類疾病，患者以黃疸為主要臨床表現，該類患者黃疸可能很高，但肝髒合成功能可長時間保持正常。其中PBC、PSC移植後有複發的風險。
5、肝髒腫瘤
肝髒惡性腫瘤無肝外轉移及大血管侵犯時也可做為肝髒移植適應證。2000年世界移植大會在意大利米蘭召開時，大會建議肝癌肝移植應按米蘭標準執行，即單發腫瘤小於等於5cm3，多發腫瘤不超過3個，無主要血管侵犯。
