治療功能性消化不良的方法主要是生活飲食改善、口服藥物治療、理療等，這是比較兩種搶到的方式，每個人選擇的方法會不同。
1、生活飲食改善：如果在生活當中出現了功能性消化不良，首先要在生活飲食上改善，盡量選擇以清淡的食物為主或容易消化類的食品為主，可以吃水果和蔬菜，然後適量做運動，能使患者的狀況有所恢複。
2、口服藥物治療：功能性消化不良的患者，必要時可以根據醫生指導服用藥物治療，特別是出現了胃腹部燒灼感，可以遵醫囑服用奧美拉唑鈉腸溶片和多潘立酮片等藥物，具有恢複的效果。
3、理療：功能性消化不良也能選擇理療的方式，主要是在腹部沿著順時針方向按摩和熱敷，對於恢複也是有幫助作用的。
除此以外，也能選擇藥物和生活飲食同時做調整。
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