很多神經係統疾患，結直腸疾患和對肛直腸的直接損傷等，均可造成肛門失禁。肛門失禁的主要和常見的病因有：
①神經係統疾患：腦血管意外，腦動脈硬化，腦外傷，脊髓損傷，脊髓瘤，脊柱裂等;
②結、直腸疾患：先天性巨結腸，潰瘍性結腸炎，結、直腸癌，直腸脫垂，肛直腸畸形等;
③肛直腸直接損傷，其中手術損傷是常見原因，包括肛瘺、肛裂和痔等手術以及硬化劑注射。此外，還有會陰撕裂，意外傷，槍彈傷和異物等病因。
肛門失禁的治療首先應針對病因進行，如腦外傷、腦血管意外，在病情恢複後，肛門失禁亦多能恢複。脊椎裂患者要強調早期手術修補，才能保全肛門功能。脊髓瘤患者，原發病灶手術切除後，肛門失禁多較難恢複先天性巨結腸，作保留括約肌的結腸切除，可以有良好肛門功能。
潰瘍性結腸炎，切除病變結腸，保留肛直腸，多能保全肛門功能。臨床上常見的肛門失禁，大多由肛直腸直接損傷所引起，如分娩時會陰撕裂、手術損傷以及意外傷等，應強調在損傷後立即或在6～12個月內進行修補。
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