腸結核這個疾病在消化係統結核裏麵是最常見的，一般患有肺結核的患者很大機會會患上這個腸結核。腸結核的治療方法是比較成熟的，不過需要的治療周期相對長一些。
腸結核的治療目的是消除症狀，改善全身情況，促使病灶愈合及防止並發症發生，腸結核早期病變是可逆的，因此應強調早期治療;如果病程已至後期，即使給予合理足時的抗結核藥物治療，也難免發生並發症。
1.休息與營養：機體抵抗力的降低是結核發生，發展的重要因素，因此合理的休息與營養應作為治療的基礎，以增強機體的抵抗力，對活動性腸結核須臥床休息，積極改善營養，必要時宜給靜脈內高營養治療。
2.抗結核化學藥物治療：
初次抗結核治療方案：2HRZE/10HRE，一般療效至少一年以上，抗耐藥結核治療方案，強化期6個月，鞏固期18月。全程口服吡嗪酰胺，根據藥敏選擇抗結核藥物，聯合用藥，通常6種抗結核藥物。
藥物臨床運用應堅持早期，聯用，適量，規律和全程使用敏感藥物的原則，化療方案視病情輕重而定，一般用異煙肼與利福平兩種殺菌藥聯合，在治療開始1～2周即有症狀改善，食欲增加，體溫與糞便性狀趨於正常，對嚴重腸結核，或伴有嚴重腸外結核者宜加鏈黴素或左氧氟沙星，對氨基水楊酸聯合使用。
3.手術：適應手術隻限於並發症的治療，包括以下各種情況：
(1)結核潰瘍發生穿孔。
(2)限局性穿孔伴有膿腫形成或瘺管形成。
(3)瘢痕引起腸狹窄或腸係膜縮短，造成腸扭曲。
(4)局部的增殖型結核引起部分腸梗阻。
(5)腸道大量出血經積極搶救不能滿意止血者，手術前及手術後均需進行抗結核藥物治療。
