頭皮上長了毛囊炎疙瘩以藥物治療為主，包括局部用藥、口服藥物、注射用藥等，具體的治療方法由病情的嚴重程度決定。
1、局部用藥：頭皮上毛囊炎長疙瘩主要是由於細菌、真菌等微生物感染所引起，需要在醫生指導下塗抹抗菌藥膏治療如克黴唑乳膏、酮康唑乳膏、複方硝酸咪康唑軟膏等。
2、口服藥物：需要在醫生指導下口服抗菌藥物治療，如頭孢克肟顆粒、阿莫西林膠囊、頭孢拉定顆粒等。
3、肌肉注射：當炎症浸潤明顯、侵犯較深病情較嚴重時，可以遵照醫生囑托通過注射方式幫助病情恢複，如注射用頭孢呱酮鈉舒巴坦鈉、鹽酸左氧氟沙星注射液、生理氯化鈉溶液等。
除此之外，也可以通過激光手術、果酸煥膚、光子嫩膚等，也有利於疾病的緩解。
