一般情況下,幹芡實的存放在陰涼、幹燥、通風較好的地方。幹芡實含有豐富的澱粉,所以在貯藏過程中注意防止其受到蟲蛀。防止蟲蛀的方法可以是在曬幹的幹芡實中加入幾瓣生大蒜防蟲害。通常是每千克芡實放入8-10瓣生大蒜,與芡實拌勻後裝入缸內蓋嚴,這樣可以保持芡實在一至兩年內不受蟲蛀。
新鮮芡實在常溫下最多隻能保存3-4個小時,這是因為芡實在在撥開後有很多水分,放在常溫下,會蒸發水分,產生變色並且發出餿味。所以最好的方法是將不用的新鮮芡實放到冰箱冷藏室冰凍起來。通常是拿一個真空的袋子均勻地裝入1:1的清水和芡實,封好放入冰箱的冷藏室中速凍起來,下次食用的時候解凍出來仍然是新鮮的芡實。