瑪卡的副作用之一：可能會導致甲狀腺腫大，瑪咖含有硫代葡萄糖甙的化合物,如果結合低碘飲食過量服用，可能會導致甲狀腺腫脹。
瑪卡的副作用之二：可能會過敏，好多人都很容易過敏，過敏主要是針對過敏原導致的，而且每個人的過敏原都不同，比如有人對某種花過敏，過敏的症狀包含：口部、嘴唇或咽喉有瘙癢、刺痛或腫脹；皮疹、皮膚紅腫、瘙癢；腹瀉或嘔吐；流鼻涕或鼻塞、眼部發紅、痛或流眼淚；吞咽困難；咳嗽、喘息、呼吸困難、關節僵硬、昏倒、休克，這些都是過敏的症狀，而瑪咖也可能是某些人的過敏原。
瑪卡副作用之三：可能會導致皮膚問題，由於瑪咖會增加荷爾蒙分泌，所以青少年、嬰幼兒不適合吃瑪咖，瑪咖會導致青少年粉刺等皮膚疾病。
瑪卡副作用之四：調節性激素水平，導致月經失調、性欲下降，瑪咖適合內分泌失衡的人食用，如果您內分泌正常就無須服用瑪咖，因為瑪咖可能會增加荷爾蒙分泌，導致內分泌失衡。
瑪卡作為一種草本植物，但是不能攝入過量，一般一日保持在25克之內是非常合理的，如果攝入過量，會導致一係列的惡果。
瑪卡的功效雖然有很多種，但是危害也是同時存在。
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