1.腦炎
腮腺炎病毒對中樞神經係統有較強的親和力，孩子受到腮腺炎病毒感染後，約有1/3會出現腦部受侵害的症狀，主要表現為頭痛、發燒、惡心、嘔吐、頸項強直、嗜睡等。有少數孩子可出現驚厥、昏迷、偏癱、說話不清、舞蹈樣動作。如果病毒侵犯脊髓還可出現四肢癱瘓、肢體感覺消失。病變發生在腦神經還可引起眩暈、耳鳴、口眼歪斜、視物不清等症狀。如果化驗腦脊液，大約有2/3會出現異常。
有的孩子在腮腺腫大之前先出現腦炎症狀，有的孩子腦部症狀與腮腺腫大同時出現，還有的是在腮腺腫大消退後2周左右出現腦部症狀，少數隻發生腦炎症狀而無腮腺腫大現象。當然，腮腺炎病毒引起的腦炎絕大多數都能在1O天左右痊愈，個別孩子會發生腦積水甚至死亡。
2.睾丸炎和卵巢炎
睾丸炎和腦炎一樣，有時可發生在腮腺腫大之前、之中和之後。主要症狀是睾丸疼痛腫脹，用手觸摸時睾丸變硬，腫大的陰囊皮膚增厚，皮皺明顯減少，鞘膜內也可產生少量積液。全身症狀有發燒、寒戰、頭痛、下腹部痛。如果是右側睾丸腫大可引起右下腹痛，產生類似闌尾炎樣的症狀。所幸的是80%左右的孩子為單側睾丸發炎腫大。雙側同時腫大者，有報導說可能會引起不育。青春期女孩得腮腺炎後可並發卵巢炎，主要表現是腰背痛、月經失調等。症狀輕微時不易覺察，不影響受孕。
3.腎炎
腮腺炎病毒可以直接損害腎小球和腎小管，發病多在腮腺腫大消退時出現，隻有少數孩子與腮腺腫大同時發生。主要症狀是腰痛、小便量減少，有時出現血尿，常有眼皮和下肢水腫。此時測血壓，可有血壓升高。病程一般需20天左右才能痊愈。
