一、先天性無陰莖畸形
此種病人除無陰莖外，還可能合並其他泌尿生殖器、直腸與肛門、心血管係統以及下肢畸形。對於能夠成活下來的病人來說，最好的治療方法是轉歸為女性，其手術包括睾丸切除及外陰成形等。
二、隱匿陰莖畸形
包莖及陰莖發育短小等症，除影響排尿外，對性生活影響也較大。治療方法是進行綜合性減肥治療，必要時可實施陰莖成形術並輔以內分泌治療。兒童患者應盡量在青春期前完成手術。
三、雙陰莖畸形
對雙陰莖畸形要做全麵的體格檢查，以得出全麵的診斷。治療單純性雙陰莖畸形比較簡單，可保留較粗壯的一側而將另一側切除。
四、小陰莖畸形
一般認為，新生兒陰莖的長度小於1cm，進入青春期後陰莖長度小於5cm，直徑亦較小，但尿道及開口正常者，即稱為小陰莖畸形。
五、陰莖的彎曲畸形
其治療方法主要是實施包括切除影響陰莖伸直組織在內的陰莖整形術。
六、包莖及包皮過長
這是臨床最常見的男性生殖器先天性畸形。兩種畸形的包皮雖然都覆蓋陰莖，但是有包莖者其包皮不能翻至龜頭以上。應采取積極的治療態度。包莖與包皮過長一般是采取手術矯形，其治療效果比較滿意。
