低聚糖作為一種食物配料，其對人體的好處還是有很多的，比如改善人體內為生態環境、降低血液中膽固醇、適合高血糖人群食用、防止齲齒等等。低聚糖廣泛運用在多種乳製品和乳酸菌飲料當中，因為它對人體的好處是非常多的，並且還可以調節免疫機能等等。
低聚糖的保健作用
（1）改善人體內微生態環境，有利於雙歧杆菌和其它有益菌的增殖，經代謝產生有機酸使腸內pH值降低，抑製腸內沙門氏菌和腐敗菌的生長，調節胃腸功能，抑製腸內腐敗物質，改變大便性狀，防治便秘，並增加維生素合成，提高人體免疫功能。
（2）低聚糖類似水溶性植物纖維，能改善血脂代謝，降低血液中膽固醇和甘油三酯的含量；
（3）低聚糖屬非胰島素所依賴，不會使血糖升高，適合於高血糖人群和糖尿病人食用
（4）由於難被唾液酶和小腸消化酶水解，發熱量很低，很少轉化為脂肪；
（5）不被齲齒菌形成基質，也沒有凝結菌體作用，可防齲齒。
因此，低聚糖作為一種食物配料被廣泛應用於乳製品、乳酸菌飲料、雙歧杆菌酸奶、穀物食品和保健食品中，尤其是應用於嬰幼兒和老年人的食品中。在保健食品係列中，也有單獨以低聚糖為原料而製成的口服液，直接用來調節腸道菌群、潤腸通便、調節血脂、調節免疫等。
低聚糖很難或不能被人體消化吸收，所提供的能量值很低或根本沒有，這是由於人體不具備分解消化低聚糖的酶係統。一些功能性低聚糖，如低聚異麥芽糖、低聚果糖、低聚乳果糖有一定程度的甜味，是一種很好的功能性甜味劑，可在低能量食品中發揮作用，如減肥食品、糖尿病患者食品、高血壓病人食品。
生理功能
低聚糖很難或不會被人體消化吸收，因此，它所提供的能量值很低或根本沒有，可在低能量食品中發揮作用，最大限度地滿足那些喜愛甜食又擔心發胖者的要求，還可供糖尿病人、肥胖病人食用。
活化腸道內雙歧杆菌並促進其生長繁殖雙歧杆菌是人體腸道內的有益菌，其菌數會隨年齡的增大而逐漸減少。腸道內雙歧杆菌的多少成了衡量人體健康與否的指標之一。隨著醫學科學的迅猛發展，廣譜和強力的抗生素廣泛應用於治療各種疾病，使人體腸道內正常的菌群平衡受到不同程度的破壞。因而，有目的地增加腸道內的有益菌數量就顯得十分必要。攝取雙歧杆菌製品固然簡便可靠，但這類產品從生產到銷售都受到許多條件的限製，而通過攝入功能性低聚糖來促進腸道內雙歧杆菌自然增殖則更切實可行。
抑製腸內腐敗產物生成人體腸道內腐敗細菌（如產氣莢膜梭菌和大腸杆菌等）將氨基酸轉化生成氨、吲哚等腐敗產物。每日食用10克大豆低聚糖粉可明顯減少腐敗產物，同時還可抑製那些與腸內生成致癌物質有關的β－葡萄甙酸酶和偶氮還原酶。
低聚糖是一種不消化性糖類,不被胃酸胃酶分解,有一定甜度,人體攝入後基本上不增加血糖、血脂。進入腸部,在大腸中被雙歧杆菌利用,而不能被有害菌利用,稱作雙歧因子,可廣泛使用於各類食品作為功能性食品配料。
